Территория Перу представляет собой три четко выраженные географические области: узкая (шириной от 80 до 150 км) пустынная прибрежная равнина вдоль побережья Тихого океана — Коста (берег); низменные джунгли бассейна Амазонки — сельва — на востоке; высокие и обрывистые горные цепи Анд — Сьерра (буквально — «пила»)— в центре.

Длина Косты составляет 2500 км. Это один из самых засушливых районов земного шара. Причина такого, на первый взгляд, необычного климата тихоокеанского побережья кроется в холодном Перуанском течении, проходящем вдоль берегов страны. Здесь по нескольку лет не бывает дождей, ветер перемещает барханы, а из растительности встречаются лишь одинокие Деревья, редкие кустарники и кактусы, в оазисах в долинах коротких рек растут сахарный тростник и фруктовые деревья. Благодаря холодному течению воды Тихого океана близ Перу богаты рыбой, к поверхности поднимаются насыщенные минеральными веществами донные воды, содержащие большое количество организмов, служащих кормом для рыб.

Анды занимают примерно 30 % территории Перу и включают более 170 гор, поднимающихся на высоту более 4850 м. Самая высокая горная вершина — Уаскаран (6768 м). Температура воздуха в горах зависит от их высоты и колеблется от -7 °С до +21 °С. В Андах из небольшого ледникового озера берет начало крупнейшая река мира — Амазонка. На западе расположена пустыня, на востоке — влажные экваториальные джунгли, где выпадает свыше 2000 мм осадков в год. Плоскогорья, плато и межгорные долины покрыты степями, где сформировались плодородные черноземовидные почвы.

Восточная часть страны — сельва — это часть Амазонской низменности, где преобладает влажный экваториальный лес с ценными породами деревьев и экзотическими цветами. Для сельвы типичны животные, живущие преимущественно на деревьях, в основном это обезьяны. Реже встречаются муравьеды, ленивцы, пекари тапиры; огромное количество птиц с ярким оперением (попугаи, колибри), пресмыкающихся, насекомых.

На восточных склонах Сьерры берут начало реки Мараньон и Укаяли, которые сливаются с Амазонкой. В горах много озер, преимущественно ледникового происхождения. На границе, между Перу и Боливией, на 3812 м над уровнем моря, расположилось самое высокогорное судоходное озеро в мире — Титикака.

В Перу открыты месторождения почти 80 видов полезных ископаемых, в том числе меди, железа, свинца, серебра, золота, ртути, молибдена. Страна имеет значительные запасы природного газа, каменного угля, урановых руд.