Амазонские озера и лагуны образовались из речных истоков, в руслах рек, направление которых изменилось. Эти реки, изменившие курс (meandricos), оставили пласты с застоявшейся водой, в форме лунной половины, которую они передали лагунам нижней сельвы. По-местному лагуны называются «кочас» или «типишкас», в их водах обитает множество видов рыб, привыкших мигрировать против течения до рек верхней сельвы.

Самое важное озеро Амазонки – Римачи – находится на правом берегу реки Пастаса, в 50 км от впадения реки Мараньон, в департаменте Лорето.

Самое важное озеро верхней сельвы – Саусе или Лагуна Асуль (по цвету ярко синих вод) – расположено в районе с одноименным названием, недалеко от Тарапото, в департаменте Сан Мартин, в 5 км от правого берега реки Уайага на высоте 650 метров над уровнем моря. Это озеро находится в тектонической низменности и окружено горами более чем 900 метров высоты.

В Икитос находится одна из самых известных лагун перуанской сельвы, Кистокоча, которое кроме защиты природных богатств города является местом проведения летних каникул обитателей Икитоса. Не менее известная и важная лагуна Йаринакоча, расположенная в окрестностях города Пукальпа.